Os primeiros colonos espanhóis chegaram ao Paraguai no início do século XVI. A cidade de Assunção, fundada em 15 de agosto de 1537, logo se tornou o centro de uma província nas colônias espanholas na América do Sul, conhecida como "Província Gigante de Indias".
o Paraguai não chegou a formar grandes latifúndios exportadores, em mãos de uma camada poderosa de proprietários rurais, como aconteceu em muitos países latino-americanos. Os camponeses livres, na sua maioria mestiços, haviam sido, no início do século XVIII, os protagonistas das grandes rebeliões "comuneras" contra os jesuítas e as autoridades espanholas ligadas a eles."
Em 15 de maio de 1811, o Paraguai declarou a sua independência da Espanha, sem luta nem guerra. O Dr. José Gaspar García Rodríguez de Francia, mais conhecido como o "Dr. Francia", ou "O Supremo", governou o país até sua morte, ocorrida em 1840. Sobre este caudilho afirmam Antonio Mendes Junior e Ricardo Maranhão:
Cquote1.svg As imensas terras dos jesuítas, que após sua expulsão, em meados do século XVIII, haviam passado para as mãos do Estado espanhol, foram arrendadas por baixo preço a camponeses livres. (…) "El Supremo" apoiou-se exclusivamente nos camponeses mestiços e índios. (…) preocupou-se muito com a educação primária dos mestiços: defensor do ensino obrigatório e gratuito, atacou o analfabetismo; ao morrer, em 1840, não existia um só analfabeto no Paraguai, caso único em toda a América Latina."
Há um mito muito divulgado sobre o Paraguai dessa época, que diz que o Paraguai era uma potência regional e um país auto-suficiente, com um exército poderoso, procurando buscar uma saída para o mar. Tal narrativa, segundo alguns historiadores, não passa de mito. O Paraguai de Francia e Solano López, nada mais era que um país que buscava se fortalecer militarmente com medo de possíveis tentativas de anexação da Argentina, bem como a busca de saída para o mar. Outro fato importante é que o Paraguai tinha uma receita de exportações baseada na madeira e na erva-mate, ao contrário do que se diz por muitos. O Paraguai naquela época não era industrializado tampouco era uma potência regional.
As perdas territoriais começaram quando a província de Misiones foi cedida à Argentina em 1852 por Carlos Antonio López, pai de Francisco Solano López, em troca do reconhecimento argentino da independência paraguaia e a província de Formosa foi perdida após a Guerra do Paraguai, chamada pelos paraguaios Guerra de La Triple Alianza.
Para a Argentina, a Guerra do Paraguai havia representado um passo decisivo para completar o processo de formação de seu estado nacional, pela eliminação ou incorporação da maioria das oposições provinciais ao governo de Buenos Aires. A oligarquia portenha sentia-se à vontade para aspirar à efetiva aplicação do Tratado da Tríplice Aliança, que lhe daria de presente todo o chaco paraguaio. O governo argentino, chefiado então por Sarmiento (que sucedera a Mitre), e tendo como ministro das relações exteriores Tejedor, empenhou-se em por em prática sua política anexionista. As discussões e disputas se arrastaram por dois anos, tornando-se mais graves a partir de janeiro de 1872, quando o barão de Cotegipe assinou um tratado em separado com o governo títere de Asunción. Os protestos de Buenos Aires levaram a um clima em que a possibilidade de guerra contra o Império não era descartada. Principalmente porque o governo do Rio de Janeiro, apresentando-se como "benévolo", perante os paraguaios, contentou-se com a fixação de fronteiras nos limites reivindicados antes da guerra, e contestados por Solano López. Finalmente, a 3 de fevereiro de 1876, o Tratado de Irigoyen-Machain entre Buenos Aires e Asunción, aceito pelo Rio de Janeiro, encerrou a questão. Segundo ele, a Argentina teria uma parte do território do Chaco até o rio Pilcomayo, e as tropas brasileiras se retiravam do Paraguai, respeitando as cláusulas brasileiro-paraguaias de 1872."
A chamada Guerra do Paraguai desenvolveu-se entre 1865 a 1870, contra a Tríplice Aliança, composta pela Argentina, Brasil e Uruguai, apoiados economicamente pelo Reino Unido. Diversos motivos levaram os países envolvidos ao conflito bélico, que acabou custando muito ao Paraguai, como a perda do seu exército poderoso frente aos demais países da América do Sul, como também o mais grave, que foi a morte de dois terços da população do sexo masculino e a perda de territórios, em grande parte, para o Brasil e a Argentina: como resultado da Guerra, que se encerrou em 1870, além de Misiones, os paraguaios perderam a região do Chaco, correspondente à Província de Formosa para a Argentina. Conforme transcrito acima, ambas as anexações foram definitivamente reconhecidas em 1876, depois do Tratado de Irigoyen-Machain que firmou a paz com o governo de Buenos Aires. Uma parte do seu território (nordeste) foi anexada ao Mato Grosso (hoje, Mato Grosso do Sul). A economia paraguaia ficaria estagnada pelos 50 anos seguintes.
Tropas bolivianas invadiram o Paraguai em 1932, desencadeando a Guerra do Chaco (1932-1935), e culminando com vitória paraguaia e a anexação do Chaco ao país.
Desde 1989, quando o regime militar de mais de 35 anos de Alfredo Stroessner teve fim, o Paraguai tem sido governado por presidentes eleitos democraticamente. Os maiores desafios do Paraguai desde então têm sido a crescente instabilidade política e a corrupção em alta.
